In de periode van de Belgische onafhankelijkheid beginnen in de grotere steden in België aparte apotheken voor de ‘behoeftigen’ te ontstaan onder voogdij van de plaatselijke Burelen van Weldadigheid[2]. In deze apotheek konden de armen hun geneesmiddelen en medische hulpmiddelen (zoals herniabanden, verbanden, brillen en krukken) ophalen. Er werd gekozen voor de oprichting van een Centrale Apotheek (een ‘Stadsarmenapotheek’) waar de behoeftigen hun medicatie konden krijgen in plaats van dat ze naar een apotheek moesten in de wijk waarin ze woonden. Vanaf 1840 begint ook in Brugge hiervoor de interesse te groeien.

De vraag die meteen opduikt is waarom de Brugse adel en burgerij die de armenzorg in handen hadden in de 19^de eeuw[3] én deze armoede beheersbaar wilde houden om hun eigen positie niet in gevaar te brengen[4], een aparte apotheek voor de armen wilde oprichten in navolging van de andere provinciale hoofdplaatsen en waarom dit op dat ogenblik gebeurde. Deze apotheek zou immers direct een negatieve financiële impact hebben op de omzet van de reeds bestaande Brugse apothekers en vloeken tegen de ideeën van een harde vrijemarkteconomie zonder sociaal vangnet die toen door de burgerij werd toegepast.

In de decennia 1840-1850 groeit de armoede exponentieel door een zware crisis in de linnennijverheid, die in Vlaanderen vooral berustte op thuisnijverheid om het schamele inkomen aan te vullen. Door het afsluiten van handelsakkoorden met lagere invoerrechten werd de Franse en Belgische markt overspoeld met goedkoop machinaal gemaakt Engels textiel, waardoor de thuisnijverheid hier de doodsteek kreeg. Op hetzelfde ogenblik was er een Europese aardappelplaag, die zorgde voor hogere voedselprijzen en het basisvoedsel voor de modale Bruggeling bedreigde. De  landbouwpercelen waren intussen meer en meer versnipperd door een hoge demografische groei. Dit alles samen leidde tot een massale plattelandsvlucht naar de steden. Deze crisissen sloegen heel hard toe in West- en Oost-Vlaanderen[5].

De redenen om een 'Pharmacie Générale' in Brugge op te richten zijn te vinden in de briefwisseling tussen het Bureel van Weldadigheid en armendokters en armenmeesters[6] en in de reglementering van BvW over de Armenapotheek. Er wordt informatie opgevraagd bij andere BvW's die reeds met een centrale armenapotheek werken of hier ook mee willen beginnen (o.a. Brussel, Gent, Luik, Antwerpen)[7]. De motieven zijn vooral van financiële aard en men wil ook misbruiken tegengaan. De kostprijs voor geneeskundige preparaten (die apothekers ter plaatse bereidden) begint overal te stijgen en dit slorpt een steeds groter deel van het budget van het BvW op. Als er meer geld gaat naar de geneesmiddelen voor de armen die thuis ondersteund worden, is er minder geld over voor de andere ondersteuning van deze armen (vooral voedsel en kolen of hout voor verwarming). Er moest immers goede zorg gedragen worden voor het erg beperkte budget van de armenzorg om zoveel mogelijk de 'echte' armen te ondersteunen. Dit waren medeburgers die door één of andere reden (sterfgeval van de kostwinner, ziekte, handicap, …) van de ene op de andere dag zonder inkomsten vielen. Deze 'echte' armen konden niet meer voorzien in een eigen inkomen. De valide behoeftigen moesten maar gaan werken en als ze dat niet deden werden ze opgesloten in gevangenissen, bedelaarsgestichten en landloperkolonies[8]. Het Bureel van Weldadigheid van Brugge vraagt aan de BvW’s van de andere steden informatie op over hoe zij dit organiseren op het vlak van personeel en materiaal en wat de voordelen hiervan zijn. Deze antwoordden dat het goedkoper is, de armen de precieze hoeveelheid medicatie krijgen die ze nodig hebben en vervalsing van medicatie of teveel medicatie wordt vermeden omdat de apotheek onder directe controle staat van het BvW. Een strikte reglementering en procedure kan helpen de vooroordelen die bestaan tegenover de 'echte' armen te bestrijden, zodat enkel zij gratis medicatie konden krijgen. Het Gentse Bureel van Weldadigheid schrijft dat vroeger gewerkt werd met gepensioneerde apothekers uit de wijk van de behoeftige, maar dat soms slechte kwaliteit van geneesmiddelen werd geleverd. Ook waren de doktersbezoeken om het geneesmiddel voor te schrijven te duur als de medicatie voor de armen kosteloos moes­­­­­­­­­­­­­t zijn. De 'misbruiken' bestonden uit de soms sterk schommelende kostprijs bij apotheken om op hetzelfde ogenblik dezelfde medicijnen aan te maken, het afleveren van valse en weinig kwaliteitsvolle medicatie aan de armen, het verstrekken van gratis geneesmiddelen aan wie (nog) niet op de armenlijst staat en het voorschrijven van teveel geneesmiddelen. Hierdoor stijgen de onkosten sterk voor het BvW. Reeds in 1825 wordt er in Brussel een reglement toegepast[9] dat heel strikt deze 'misbruiken' wil tegengaan.

De hogere onkosten kunnen echter niet volledig op rekening van al dan niet sjoemelende apothekers op de kap van het algemeen belang geschreven worden.

Vanaf halfweg de 19de eeuw ontwikkelt de geneeskunde zich door een nieuwe manier van kijken (dierenproeven, vaccinaties, … in plaats van theorieën en speculatie) en door de ontdekking van nieuwe medicijnen. Toch zal het nog heel lang duren voordat ziektes een beetje onder controle worden gekregen omdat vaak ook milieu- en hygiënefactoren hierbij een rol spelen. Doorheen de 19^de en zelfs de 20^e eeuw zullen epidemieën  (bv. tyfus, cholera, griep, …) nog veel slachtoffers eisen.

Deze nieuwe medicijnen bestonden meer en meer uit de (geïsoleerde en geconcentreerde) werkzame stoffen van planten in plaats van bereidingen waarin meer gebruik gemaakt werd van de volledige en onbewerkte plant. Hierdoor werd het in de loop van de 19de eeuw steeds complexer voor apothekers om zelf handmatig geneesmiddelen aan te maken. Vanaf het einde van diezelfde eeuw beginnen de grote farmaceutische firma's en onderzoekslaboratoria te ontstaan[10]. Deze zullen de gestandaardiseerde medicatie ontwikkelen die we vandaag kennen. Van de in het St.-Janshospitaal gebruikte medicinale grondstoffen (de ‘simplicia’ zoals vlierbessen, suiker, citroenschillen, kruiden, …) en bereidingen (de ‘composita’ zoals oplossingen in water, zalven, poeders, pillen, pleisters, …) tijdens de 17^e en 18^e eeuw zijn we op de hoogte door aankoop- en bereidingsboeken in het OCMW-archief[11].

 Op 07/10/1844 zendt het Brugse Bureel van Weldadigheid al een omzendbrief naar de armenmeesters waarin de oprichting van een Centrale Apotheek voor de behoeftigen wordt aangekondigd. In een eerdere brief aan het BvW van 22/05/1844 had een ‘Comité’ van geneesheren, chirurgen en wijkapothekers van de armen’ zich negatief uitgesproken over dit initiatief. Deze centrale apotheek zou ‘geen financieel voordeel opleveren en niet bijdragen aan het welzijn van de zieken’[12].

Op 1 januari 1846[13] opent de Centrale Armenapotheek (de 'Pharmacie Générale des Pauvres' of 'Pharmacie Centrale des Indigents') in Brugge haar deuren in de Kuipersstraat 59 (het huidige nr. 27). Dit huis uit het einde van de 16^e eeuw[14] wordt in 1845 gekocht door het Bureel van Weldadigheid en was gekend in Brugge als het vroegere huis Bogaert, een familie die voornamelijk bestond uit drukkers. Het werd gekocht aan Amand Bogaert (1788-1855), een telg van deze bekende familie en 'fabricant van tabak'. Hier werd De Brugsche Gazette gedrukt[15]. Het stadsbestuur van Brugge en de bestendige deputatie van West-Vlaanderen, de controlerende overheden van het BvW, geven beiden in 1845 de toestemming om deze aankoop te betalen met geld van de spaarrekening van BvW. De aankoopprijs bedroeg 9.725 fr. zonder de kosten van de notaris en de verbouwingen. Onmiddellijk begon men om het gebouw in te richten als apotheek met de bedoeling deze te openen op 1 januari 1846. In de zitting van BvW van 2 juli 1845 (goedgekeurd door het college van burgemeester en schepenen op 23 juli 1845) wordt Ernest Van de Vijvere benoemd als de eerste apotheker 'en chef' van de Brugse Armenapotheek. Voordien bezorgde hij al 9 jaar de geneesmiddelen aan de armen van St.-Anna en St.-Walburga die thuis verblijven. In het reglement van de armenapotheek uit 1845 wordt vastgelegd dat hij jaarlijks beschikt over een budget van 3.400 fr. waarvan hij zijn eigen loon, het loon van een hulpapotheker en het loon van de werkman van de apotheek kon bekostigen. Hij en de hulpapotheker moesten volgens dit reglement hun intrek nemen boven de stadsapotheek, zodat ze altijd bereikbaar waren. Hij moest ook zorgen voor verwarming in de zaal in de apotheek die gereserveerd was voor de administratie[16]. De behoeftigen moesten bewijsstukken afleveren dat ze arm én ziek waren. De armenmeester bevestigde schriftelijk dat de zieke op de armenlijst voorkwam. De geneesheer mocht door de patiënt zelf gekozen worden uit een lijst van door het Bureel goedgekeurde ‘geneesheren der armen’. Deze arts moest de soort en hoeveelheid geneesmiddelen die hij voorschreef exact vermelden. Als hij twijfelde of de klachten van de patiënt echt of geveinsd waren, dan kon hij de op het voorschrift voorgedrukte letter ‘D’ (‘doute’) omcirkelen[17].

De andere apothekers in Brugge wilden natuurlijk ook hun deel van de koek door de grote groep armen van geneesmiddelen te voorzien. Apotheker H. D’hauw en andere apothekers schrijven op 14/04/1857[18] aan BvW dat de kosten van de geneesmiddelen door de strikte toepassing van de nieuwe wet op de apotheken verviervoudigd zijn sinds de oprichting van de Centrale Armenapotheek, waardoor het ‘zeer moeilijk zo ­­­­­­­­­­niet onmogelijk' zou worden om een tweede armenapotheek op te richten. Zelfs een leerling-apotheker, die vier jaar stage zou doen als hulp voor de hoofdapotheker, om zich met de dagelijkse 'besognes' bezig te houden, zou te duur zijn. In de Armenapotheek wordt bij de uitreiking van geneesmiddelen veel tijd verloren bij het registreren en aanmaken van geneesmiddelen als de officiële zijn uitgeput. Ook de rekeningen, trimestriële staten en de inventaris moeten opgemaakt worden voor het Bureel van Weldadigheid. ‘Om de grote verdiensten die deze apotheek reeds heeft geboden aan de armen’ en vooral om de kennis waarover men beschikt en die vele apothekers in Brugge zouden willen verwerven, zouden veel bestaande Brugse apothekers bereid zijn om via een beurtrol tijdens een korte periode deze taak te willen overnemen. Hij stelt hiervoor zelfs een 'avant-projèt' op. In een brief van 25/04/1857[19] aanvaarden deze apothekers om mee te werken aan de artisanale bereidingen van geneesmiddelen, officiële geneesmiddelen aan te maken, tijdens de afgesproken uren aanwezig te zijn voor de armen in hun apotheek of zich te laten vervangen door een collega en alles te registreren. Hierdoor wordt deels het systeem van geneesmiddelenbezorging aan de behoeftigen van voor 1845 hersteld, zodat het Bureel van Weldadigheid geen bijkomende specifieke apotheken voor de armen moest oprichten.

In de notulen van BvW wordt in 1923[20] vermeld dat de geneesheren voor de armen vroeger consultatie hielden in de apotheek zelf maar dat zij dit nu meer en meer in hun eigen praktijk doen. Hiernaast werd de Armenapotheek gebruikt voor de bijeenkomsten van de ‘service sanitaire’ (de Geneeskundige Dienst, opgericht in 1858). Ook de chirurgen van de armen hadden in 1914 een ruimte in deze apotheek om (kleinere?) operaties uit te voeren[21]. Deze apotheek nam dus een centrale rol in in de gezondheidszorg voor de armen die niet residentieel waren opgenomen .

In 1923[22] beslist het BvW om de Armenapotheek in de Kuipersstraat 27-29 (Sectie E nr. 1265a) te verkopen. Dit gebeurt onder andere door de op handen zijnde oprichting van de Commissie van Openbare Onderstand (opgericht in 1925). In de C.O.O. zal de gezondheidszorg voor de behoeftigen aan huis en deze in de residentiële zorg samengevoegd worden onder één bestuur. Door de aarzelende uitbouw van een sociaal zekerheidssysteem en een strenger wettelijk kader voor apothekers wordt het in stand houden van deze centrale apotheek ook steeds meer achterhaald. De Commissie van Burgerlijke Godshuizen, de andere voorloper van de C.O.O., had immers ook een apotheek en apotheker in dienst om de zieken- en verzorgingstehuizen onder haar beheer te voorzien van medicatie. Deze laatste apotheek bevindt zich nog steeds in het middeleeuwse St-Janshospitaal. Op de zitting van 14/12/1923 wordt beslist om de resterende genees- en hulpmiddelen van de armenapotheek over te dragen naar de apotheek van het St.-Janshospitaal en het aanwezige meubilair te verkopen. Op 11 januari 1924 krijgt het Bureel van Weldadigheid de officiële goedkeuring van de provincie voor de verkoop van dit gebouw. Deze verkoop wordt toegewezen aan L. Van Mechelen uit Brugge voor 112.000 fr. In 1924 wordt de functie van apotheker van het Brugse BvW afgeschaft[23]. De laatste armenapotheker is op dat ogenblik Philip Dupon, die tot 31/03/1924 boven de apotheek mag blijven wonen en tot op dat ogenblik zorgt voor het beheer van dit gebouw.

Momenteel is in deze vroegere ‘Pharmacie Centrale’ de praktijk gevestigd van dr. P. Pertry.